Die Einödhöhlen bei Pfaffstätten stehen unter Naturschutz. Man erreicht sie über den Beethovenwanderweg am Anninger im Wienerwald. Nach älteren Forschungen handelt es sich bei den Einödhöhlen um Brandungshöhlen, die in der frühen Neuzeit der Erdgeschichte und zwar im frühen Miozän (früher Jungtertiär) vor ca. 20 Millionen Jahren an den Ufern des Meeres im Wiener Becken entstanden sind. Dies wird in neuerer zeit infrage gestellt, inbesondere da die Höhlen in geschichtlicher Zeit mannigfaltige Veränderungen erfahren haben. Vermutlich wurden die Hählen schon in urgeschichtlicher Zeit als Behausung genutzt, in Zeiten der Türkenkriege und Franzosenkriege dienten sie als Zufluchtsort. Sie wurden auch zeitweise zur Reibsandgewinnung (Dolomit Brekzien-Sande) benutzt.
Im Jahr 1925 wurden die Höhlen unter Mitwirkung des Pionierbataillons Klosterneuburg der Öffentlichkeit erschlossen und als Schauhöhle eröffnet. Die 1925 eingerichtete elektrische Beleuchtung wurde von Vandalen bald zerstört, die Verwendung von Pechfackeln war verboten, man brauchte Kerzen oder Magnesiumlicht. Es standen sogar Führer zur Verfügung; während des zweiten Weltkrieges wurde der Betrieb eingestellt. Im Juni 1949 wurden die Hählen zum Naturdenkmal erklärt. Auf Grund eines größeren Felssurzes im Jahre 1950 ist die Elfenhöhle für Besucher gesperrt. In früheren Zeiten wurde die Einödhöhle von mehreren verschiedenen Fledermausarten frequentiert, die sie für die Zeit der Winterlethargie aufsuchten. Lagerfeuer im Höhleninneren vertrieben diese Bewohner oder brachten sie um, da schon die Körpertemperatur des Menschen sie aufwecken kann und sie dabei so viel Energie verbrauchen, dass ein Tier nicht über einen ausreichenden Fettvorrat verfügt und langsam stirbt.
Einöde Pfaffstätten und der Wanderweg zu den Einödhöhlen
Von den Fledermausarten wird heute nur mehr hin und wieder die kleine Hufeisennase vorgefunden. Diverse Insekten und Schmetterlinge suchen bei kalter Witterung im Herbst bzw. angehendem Winter die Räume zu ihrem Schutz auf. Die Fledermaushöhle oder Einödhöhle ist eine ziemlich ausgedehnte, relativ niedrige Höhle. Als 1888 die sogenannte Große Einödhöhle wegen drohender Einsturzgefahr gesprengt werden musste, wurde die weiter oben im Hang liegende Fledermaushöhle nun auch als Einödhöhle bezeichnet.
Im Zuge des Ausbaus für den Fremdenverkehr bekamen die Felsinformationen der Höhle phantasievolle Namen, am eindrucksvollsten war das Profil des Riesen Einöder, von dem das Tal seinen Namen herleiten soll. Er wurde mit einem der Heerführer Karls des Großen namens Einheere (dem Schwaben Aenotherus, wie Aventinus 1668 berichtet) in Zusammenhang gebracht, der sich in den Feldzügen gegen die Awaren ausgezeichnet haben soll.
Vom Vorplatz der Einödhöhle führen zwei Eingänge in das Höhleninnere. Durch den westlichen Eingang gelangt man in die erste Halle von der das "Fenster" Richtung Südwesten ins Freie führt. An der "Zerfressenen Wand" vorbei erreicht man den sogenannten "Thronsaal" und die "Trümmerhalle", in dem abenteuerlich geformte Gebilde zu sehen sind. Am "Riesen Einöder" vorbei kommt man schließlich in den "Fledermausgang" und durch diesen zurück zum östlichen Eingang.
Die Elfenhöhle liegt etwas oberhalb der Einödhöhle. Auch das Innere dieser Höhle bekam phantasievolle Namen: Schneewittchens Grab, Schneespitze oder Kapelle. In der Kapelle liegt ein angerosteter Tresor, der Teil eines Geocaching Spiels ist.